Cette différence fait que pour un test de parenté dépassant le lien direct parent-enfant (comme entre grand-parents-enfants, frères ou soeurs, cousins, tante-neveu, ...), le typage HLA risque rapidement de devenir impossible alors que le typage STR permettra toujours de pouvoir confirmer ou infirmer le lien grâce à un calcul statistique qui tiens compte du type de lien et de la fréquence de chaque allèle retrouvé au sein d'une population de référence.

- De par la concentration très localisée des gènes du HLA, ceux-ci auront ainsi une grande propension à se transmettre en bloc à la progéniture (par le phénomène génétique dit du "déséquilibre de liaison"), ce qui rend l'étude de ceux-ci très intéressante pour les tests généalogiques basés sur cette portion des chromosomes 6 qui portent l'intégralité du système HLA, information génétique dont les caractéristiques ont été cruciales pour la survie de chaque ailleul dans son environnement historique et qui a également participé activement en quelque sorte à l'histoire d'amour vécue à chaque génération de par l'intéraction de ces gènes avec le choix du partenaire pour fonder une famille.

- contrairement aux marqueurs STRs qui n'ont aucune autre fonction connue à l'heure actuelle que de "remplissage", le typage HLA apporte de multiples autres informations utiles pour chacun des sujets testés: leur histocompatibilité éventuelle en cas de don d'organes ou de moëlle, leur risque potentiel de développer certaines maladies auto-immunes, la détermination prédictive de la compatibilité biologique en cas de recherche de partenaire, ...

--- geobiotech 

Il faut préciser qu'à cela s'ajoute une redistribution supplémentaire des gènes (par échange, au hazard) entre chromosomes homologues de chaque parent lors de la formation des gamètes (ovules et spermatozoides, porteurs de la série réassortie de 23 chromosomes qui sera transmise).

Ces échanges séparent ainsi des gènes qui se trouvaient auparavant sur le même chromosome, mais avec une probabilité qui est fonction de la distance qui existait entre eux dans la chaine de ADN: cela explique pourquoi les gènes du systême HLA, tous agglutinés dans une courte portion des chromosomes 6, ont très peu de chance d'être séparés d'une génération à l'autre, ils forment un haplotype stable. Ce phénomène porte le nom de déséquilibre de liaison.

Quel chromosome est il justifié de suivre entre les différentes générations dans la recherche généalogique ?

Tous portent des informations qui ont contribué à former l'individu, et tous peuvent provenir individuellement d'un des innombrables ailleuls lointains dont nous descendons.

Sont souvent prises en compte dans les recherches généalogiques et d'origine ancestrale la lignée purement paternelle (transmission du chromosome Y, par analyse des Y-STRs) et la lignée purement maternelle (transmission de l'ADN mitochondrial), mais ce ne sont finalement que 2 lignées particulières parmi tant d'autres situées entre ces 2 extrêmes.

Ce sont deux autres lignées particulières que nous pensons être importantes à considérer dans un arbre généalogique ou dans la détermination de l'origine ancestrale : ce sont celles des haplotypes HLA.

En effet, ceux-ci jouent -et ont joué à chaque époque- un rôle capital dans les capacités de survie de l'individu par leur implication dans le système de défense immunitaire, mais sont également en partie responsables des histoires d'amour vécues par chacun de ces ailleuls par leur implication dans chacun des choix amoureux effectués.

1) les gènes HLA que nous analysons présentent, tout comme les marqueurs STRs, une très grande diversité génétique inter-individuelle et une excellente conservation inter-générationnelle, c'est à dire les caractéristiques idéales pour permettre de confirmer ou d'exclure avec une grande probabilité une relation de filiation entre deux individus.

2) les différents loci HLA sont tous regroupés sur une petite portion d'un seul chromosome (le n° 6, que chacun de nous a en double exemplaire, un provenant de chaque parent), et auront ainsi une grande propension à se transmettre en bloc à la progéniture, ce qui améliore encore largement le calcul de probabilité de filiation.

3) pour les tests généalogiques, le fait de suivre la transmission des chromosomes 6 nous semble être le choix le plus judicieux car ceux-ci portent l'intégralité du système HLA, information génétique dont les caractéristiques ont été cruciales pour la survie de chaque ailleul dans son environnement historique et qui a également participé activement en quelque sorte à l'histoire d'amour vécue à chaque génération.

3) Indépendamment des résultats du test de filiation, et contrairement aux marqueurs STRs qui n'ont aucune autre fonction connue que de "remplissage", le typage HLA apporte de multiples autres informations utiles pour chacun des sujets testés: leur histocompatibilité éventuelle en cas de don d'organes ou de moëlle, leur risque potentiel de développer certaines maladies auto-immunes, la détermination prédictive de la compatibilité biologique en cas de recherche de partenaire, ...

Toutefois, si on analyse aussi la mère, ce niveau de probabilité est encore plus élevé que si on n'analyse que le père présumé et l'enfant, mais cela n'est pas indispensable.